一見して、1の意味を感じますが、確かに文脈によっては2の意味になる可能性もありますね。ただし、音読されていれば、多くの場合、どちらの意味なのかを判別できます。
1の意味の場合
The patient didn't suffer(↘) from a secondary infection(↘).
と suffer で一度終結感のあるピッチの下がり方と、わずかな速度低下が発生し、その意味だと分かります。
2の意味の場合
The patient didn't suffer(|) from a secondary infection.(↘)
と、suffer のあと切れ目なく、同じ音程で文末まで一気に発音されます。
これは
I don't love him because he is rich.
を音読するときと同じで、そう読むからこそ「彼が金持ちだから愛しているわけではない」と「not」が文末まで及んでいると音から理解されます。
ですから、2の意味では
NOT x [The patient suffered from a secondary infection]
という構造として「文全体」が事実ではないことを表します。
I don't love him because he is rich.
ならば「私は彼を愛していない。なぜなら彼が金持ちだから」という意味は常識的に違和感を感じるので、すぐ構造が理解されますが、今回ご提示の英文は、どちらの意味でも不思議はないため、やはり最終的に文脈を踏まえないと1だとうかつに断言しにくいですね。